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완료하는 데 약 11시간 필요

권장: 12-18 hours of videos and labs...

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강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용

1
완료하는 데 3시간 필요

Protein Motifs

In this module we'll be exploring conserved regions within protein families. Such regions can help us understand the biology of a sequence, in that they are likely important for biological function, and also be used to help ascribe function to sequences where we can't identify any homologs in the databases. There are various ways of describing the conserved regions from simple regular expressions to profiles to profile hidden Markov models (HMMs).

...
4 videos (Total 34 min), 4 readings, 1 quiz
4개의 동영상
Summary1m
4개의 읽기 자료
Acknowledgements10m
Course Logistics10m
Lecture Materials10m
Lab 1 -- Protein Domain, Motif and Profile Analysis1시 30분
1개 연습문제
Lab 1 Quiz6m
2
완료하는 데 2시간 필요

Protein-Protein Interactions

In this module we'll be exploring protein-protein interactions (PPIs). Protein-protein interactions are important as proteins don't act in isolation, and often an examination of the interaction partners (determined in an unbiased, perhaps high throughput way) of a given protein can tell us a lot about its biology. We'll talk about some different methods used to determine PPIs and go over their strengths and weaknesses. In the lab we'll use 3 different tools and two different databases to examine interaction partners of BRCA2, a protein that we examined in last module's lab. Finally, we'll touch on a "foundational" concept, Gene Ontology (GO) term enrichment analysis, to help us understand in an overview way the proteins interacting with our example.

...
4 videos (Total 37 min), 2 readings, 1 quiz
4개의 동영상
Summary1m
2개의 읽기 자료
Lecture Materials10m
Lab 2 -- Protein-Protein Interactions1시 30분
1개 연습문제
Lab 2 Quiz6m
3
완료하는 데 2시간 필요

Protein Structure

The determination of a protein's tertiary structure in three dimensions can tell us a lot about the biology of that protein. In this module's mini-lecture, we'll talk about some different methods used to determine a protein's tertiary structure and cover the main database for protein structure data, the PDB. In the lab we'll explore the PDB and an online tool for searching for structural (as opposed to sequence) similarity, VAST. We'll then use a nice piece of stand-alone software, PyMOL, to explore several protein structures in more detail.

...
4 videos (Total 32 min), 2 readings, 1 quiz
4개의 동영상
Summary1m
2개의 읽기 자료
Lecture Materials10m
Lab 3 -- Structural Bioinformatics1시 30분
1개 연습문제
Lab 3 Quiz6m
4
완료하는 데 10분 필요

Review: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure

...
1 quiz
1개 연습문제
Quiz: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure10m
4.7
39개의 리뷰Chevron Right

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Bioinformatic Methods II의 최상위 리뷰

대학: RGApr 6th 2017

Gives the student real world exposure to the tools to study proteins gene regulation, etc. Instructor is involved and friendly. Highly recommended for someone who is interested in contemporary

대학: NMJan 9th 2018

Hi Nicholas, Thank you so much for giving a lot of information. Bioinformatic Methods II was little difficult but understood after repeating the lad discussions. Thanks a lot.

강사

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

토론토 대학교 정보

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

자주 묻는 질문

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