About this Course
4.5
54개의 평가
7개의 리뷰

100% 온라인

지금 바로 시작해 나만의 일정에 따라 학습을 진행하세요.

탄력적인 마감일

일정에 따라 마감일을 재설정합니다.

초급 단계

완료하는 데 약 24시간 필요

러시아어

자막: 러시아어

100% 온라인

지금 바로 시작해 나만의 일정에 따라 학습을 진행하세요.

탄력적인 마감일

일정에 따라 마감일을 재설정합니다.

초급 단계

완료하는 데 약 24시간 필요

러시아어

자막: 러시아어

강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용

1
완료하는 데 1시간 필요

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
8 videos (Total 61 min), 1 quiz
8개의 동영상
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3m
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6m
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6m
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13m
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7m
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13m
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3m
1개 연습문제
Тест 1 (Quiz 1)20m
2
완료하는 데 1시간 필요

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
4 videos (Total 41 min), 1 quiz
4개의 동영상
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7m
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14m
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9m
1개 연습문제
Тест 2 (Quiz 2)20m
3
완료하는 데 1시간 필요

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
6 videos (Total 50 min), 1 quiz
6개의 동영상
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4m
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10m
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9m
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8m
Введение в Linux (Introduction to Linux)13m
1개 연습문제
Тест 3 (Quiz 3)20m
4
완료하는 데 2시간 필요

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
7 videos (Total 72 min), 1 quiz
7개의 동영상
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15m
Алгоритмы (Algorithms)6m
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9m
Overlap Layout Concensus9m
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8m
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10m
1개 연습문제
Тест 4 (Quiz 4)20m
5
완료하는 데 2시간 필요

Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)

Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings....
8 videos (Total 84 min), 1 quiz
8개의 동영상
Построение индекса (Building index)10m
Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)8m
Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)15m
Поиск вариантов (Variant Calling)13m
Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)8m
Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)3m
Суффиксные деревья (Suffix Trees)13m
1개 연습문제
Тест 5 (Quiz 5)20m
6
완료하는 데 1시간 필요

Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)

В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br> In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences....
4 videos (Total 59 min), 1 quiz
4개의 동영상
Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)11m
Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)22m
Анализ вариантов (Variant Analysis)17m
1개 연습문제
Тест 6 (Quiz 6)20m
7
완료하는 데 1시간 필요

Геномный проект (Genome Project)

В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011....
4 quizzes
4개 연습문제
Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)10m
Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)10m
Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)10m
Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)8m

강사

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

상트 페테르부르크 주립 대학교 정보

Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России. В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности. Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ. St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University....

자주 묻는 질문

  • 강좌에 등록하면 바로 모든 비디오, 테스트 및 프로그래밍 과제(해당하는 경우)에 접근할 수 있습니다. 상호 첨삭 과제는 이 세션이 시작된 경우에만 제출하고 검토할 수 있습니다. 강좌를 구매하지 않고 살펴보기만 하면 특정 과제에 접근하지 못할 수 있습니다.

  • 수료증을 구매하면 성적 평가 과제를 포함한 모든 강좌 자료에 접근할 수 있습니다. 강좌를 완료하면 전자 수료증이 성취도 페이지에 추가되며, 해당 페이지에서 수료증을 인쇄하거나 LinkedIn 프로필에 수료증을 추가할 수 있습니다. 강좌 콘텐츠만 읽고 살펴보려면 해당 강좌를 무료로 청강할 수 있습니다.

궁금한 점이 더 있으신가요? 학습자 도움말 센터를 방문해 보세요.