Learn to use the tools that are available from the Galaxy Project. This is the second course in the Genomic Big Data Science Specialization.
이 강좌는 Genomic Data Science 전문 분야의 일부입니다.
Genomic Data Science with Galaxy
3.7
(474개의 평가)
13,046명이 이미 등록했습니다!
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강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용
주
1완료하는 데 1시간 필요
Introduction
This week, we will present some of the research challenges that motivated the development of the Galaxy framework. We will then introduce Galaxy, describe what the Galaxy framework is, and look at different ways you can use it.
2 videos (Total 13 min), 4 readings, 1 quiz
4개의 읽기 자료
Welcome10m
Syllabus10m
Pre-Course Survey10m
A Note about AWS10m
1개 연습문제
Module 1 Quiz22m
주
2완료하는 데 2시간 필요
Galaxy 101
In this module and the following modules we will start to use Galaxy to perform different types of analysis.
3 videos (Total 42 min), 1 quiz
3개의 동영상
Galaxy 101: Workflows12m
Annotation, Sharing, and Publishing13m
1개 연습문제
Module 2 Quiz56m
주
3완료하는 데 1시간 필요
Working with sequence data
In this module we will be studying sequence data quality control as well as ChIP-Sequence Analysis with MACS.
2 videos (Total 25 min), 1 quiz
1개 연습문제
Module 3 Quiz18m
주
4완료하는 데 4시간 필요
RNA-seq & Running your own Galaxy
In these final modules, we'll take a look at working with sequence data and RNA-seq and at installing and running your own Galaxy.
4 videos (Total 49 min), 2 readings, 3 quizzes
4개의 동영상
RNA Sequence Analysis: Assembly Quantitation, and Differential Expression12m
Installing Galaxy Locally8m
Galaxy on the Cloud19m
2개의 읽기 자료
TopHat availability10m
Post-Course Survey10m
2개 연습문제
Module 4 Quiz22m
Module 5 Quiz20m
3.7
133개의 리뷰50%
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25%
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최상위 리뷰
Great Course if you are interested in dissecting the genome. Galaxy opens up this invisible world and allows even us little people to explore the world once reserved to only Academia.
This was a lot of work and rewarding to complete. The final project was challenging and the forum contributors helped a lot in pointing out good resources or strategies they had used.
강사
James Taylor, PhD
Associate Professor of Biology and Computer Science존스홉킨스대학교 정보
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Genomic Data Science 전문 분야 정보
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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