Learn to use the tools that are available from the Galaxy Project. This is the second course in the Genomic Big Data Science Specialization.
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강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용
주
1완료하는 데 1시간 필요
Introduction
This week, we will present some of the research challenges that motivated the development of the Galaxy framework. We will then introduce Galaxy, describe what the Galaxy framework is, and look at different ways you can use it.
2개 동영상 (총 13분), 4 readings, 1 quiz
4개의 읽기 자료
Welcome10m
Syllabus10m
Pre-Course Survey10m
A Note about AWS10m
1개 연습문제
Module 1 Quiz22m
주
2완료하는 데 2시간 필요
Galaxy 101
In this module and the following modules we will start to use Galaxy to perform different types of analysis.
3개 동영상 (총 42분), 1 quiz
3개의 동영상
Galaxy 101: Workflows12m
Annotation, Sharing, and Publishing13m
1개 연습문제
Module 2 Quiz56m
주
3완료하는 데 1시간 필요
Working with sequence data
In this module we will be studying sequence data quality control as well as ChIP-Sequence Analysis with MACS.
2개 동영상 (총 25분), 1 quiz
1개 연습문제
Module 3 Quiz18m
주
4완료하는 데 4시간 필요
RNA-seq & Running your own Galaxy
In these final modules, we'll take a look at working with sequence data and RNA-seq and at installing and running your own Galaxy.
4개 동영상 (총 49분), 2 readings, 3 quizzes
4개의 동영상
RNA Sequence Analysis: Assembly Quantitation, and Differential Expression12m
Installing Galaxy Locally8m
Galaxy on the Cloud19m
2개의 읽기 자료
TopHat availability10m
Post-Course Survey10m
2개 연습문제
Module 4 Quiz22m
Module 5 Quiz20m
3.7
155개의 리뷰25%
이 강좌를 수료한 후 새로운 경력 시작하기
17%
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Genomic Data Science with Galaxy의 최상위 리뷰
This was a lot of work and rewarding to complete. The final project was challenging and the forum contributors helped a lot in pointing out good resources or strategies they had used.
Great Course if you are interested in dissecting the genome. Galaxy opens up this invisible world and allows even us little people to explore the world once reserved to only Academia.
강사
James Taylor, PhD
Associate Professor of Biology and Computer Science존스홉킨스대학교 정보
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Genomic Data Science 전문 분야 정보
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
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