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다음 전문 분야의 8개 강좌 중 5번째 강좌:

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완료하는 데 약 26시간 필요

영어

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귀하가 습득할 기술

BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface

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Course을(를) 수강하는 학습자

  • Biostatisticians
  • Biologists
  • Scientists
  • Researchers
  • Data Scientists

강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용

1
완료하는 데 3시간 필요

Basic Unix Commands

12개 동영상 (총 105분), 5 readings, 2 quizzes
12개의 동영상
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7m
Basic Unix Commands 3: File Naming4m
Basic Unix Commands 4: Content Creation9m
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6m
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4m
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6m
Basic Unix Commands 8: Querying Content15m
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11m
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13m
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13m
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9m
5개의 읽기 자료
Welcome Message10m
Syllabus10m
VMBox Download & Instructions10m
Pre-Course Survey10m
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2개 연습문제
Module 1 Quiz20m
Module 1 Exam34m
2
완료하는 데 3시간 필요

Week Two

11개 동영상 (총 127분), 1 reading, 2 quizzes
11개의 동영상
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11m
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14m
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13m
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9m
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12m
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5m
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11m
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9m
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15m
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15m
1개의 읽기 자료
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2개 연습문제
Module 2 Quiz20m
Module 2 Exam40m
3
완료하는 데 2시간 필요

Week Three

8개 동영상 (총 55분), 1 reading, 2 quizzes
8개의 동영상
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5m
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11m
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9m
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4m
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6m
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8m
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5m
1개의 읽기 자료
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2개 연습문제
Module 3 Quiz20m
Module 3 Exam48m
4
완료하는 데 3시간 필요

Week Four

8개 동영상 (총 75분), 2 readings, 2 quizzes
8개의 동영상
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7m
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9m
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8m
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10m
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16m
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8m
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6m
2개의 읽기 자료
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
Post-Course Survey10m
2개 연습문제
Module 4 Quiz20m
Module 4 Exam1시 10분
4.2
84개의 리뷰Chevron Right

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Command Line Tools for Genomic Data Science의 최상위 리뷰

대학: JJJun 23rd 2018

Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.

대학: GVMar 14th 2016

Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.

강사

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Liliana Florea, PhD

Assistant Professor
McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine

존스홉킨스대학교 정보

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

Genomic Data Science 전문 분야 정보

With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome. This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy. This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit....
Genomic Data Science

자주 묻는 질문

  • 강좌에 등록하면 바로 모든 비디오, 테스트 및 프로그래밍 과제(해당하는 경우)에 접근할 수 있습니다. 상호 첨삭 과제는 이 세션이 시작된 경우에만 제출하고 검토할 수 있습니다. 강좌를 구매하지 않고 살펴보기만 하면 특정 과제에 접근하지 못할 수 있습니다.

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