Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Genomic Data Science 특화 과정존스홉킨스대학교이 강좌에 대하여
최근 조회 37,744회
학습자 경력 결과
50%
가 이 강좌를 수료한 후 새로운 커리어를 시작함
43%
가 이 강좌를 통해 확실한 경력상 이점을 얻음
20%
가 급여 인상 또는 승진 성취
공유 가능한 수료증
완료 시 수료증 획득
100% 온라인
지금 바로 시작해 나만의 일정에 따라 학습을 진행하세요.
다음 특화 과정의 8개 강좌 중 5번째 강좌:
유동적 마감일
일정에 따라 마감일을 재설정합니다.
완료하는 데 약 12시간 필요
영어
자막: 영어
귀하가 습득할 기술
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
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다음 특화 과정의 8개 강좌 중 5번째 강좌:
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완료하는 데 약 12시간 필요
영어
자막: 영어
제공자:
존스홉킨스대학교
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용
완료하는 데 3시간 필요
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
완료하는 데 3시간 필요
12개 동영상 (총 105분), 5 개의 읽기 자료, 2 개의 테스트
12개의 동영상
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7m
Basic Unix Commands 3: File Naming4m
Basic Unix Commands 4: Content Creation9m
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6m
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4m
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6m
Basic Unix Commands 8: Querying Content15m
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11m
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13m
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13m
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9m
5개의 읽기 자료
Welcome Message10m
Syllabus10m
VMBox Download & Instructions10m
Pre-Course Survey10m
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2개 연습문제
Module 1 Quiz20m
Module 1 Exam34m
완료하는 데 3시간 필요
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
완료하는 데 3시간 필요
11개 동영상 (총 127분), 1 개의 읽기 자료, 2 개의 테스트
11개의 동영상
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11m
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14m
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13m
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9m
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12m
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5m
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11m
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9m
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15m
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15m
1개의 읽기 자료
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2개 연습문제
Module 2 Quiz20m
Module 2 Exam40m
완료하는 데 2시간 필요
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
완료하는 데 2시간 필요
8개 동영상 (총 55분), 1 개의 읽기 자료, 2 개의 테스트
8개의 동영상
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5m
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11m
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9m
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4m
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6m
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8m
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5m
1개의 읽기 자료
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2개 연습문제
Module 3 Quiz20m
Module 3 Exam48m
완료하는 데 3시간 필요
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
완료하는 데 3시간 필요
8개 동영상 (총 75분), 2 개의 읽기 자료, 2 개의 테스트
8개의 동영상
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7m
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9m
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8m
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10m
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16m
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8m
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6m
2개의 읽기 자료
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
Post-Course Survey10m
2개 연습문제
Module 4 Quiz20m
Module 4 Exam1시간 10분
검토
COMMAND LINE TOOLS FOR GENOMIC DATA SCIENCE의 최상위 리뷰
CW 제공2020년 8월 5일
There were some typos and confusion about the need not to follow the example code for Exam 4. However, I thought that the course was good and useful overall.\n\nThank You!
SC 제공2016년 10월 17일
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
LS 제공2020년 4월 23일
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
AD 제공2018년 8월 26일
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
Genomic Data Science 특화 과정 정보
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
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