Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization.
제공자:
Introduction to Neurohacking In R
존스홉킨스대학교
About this Course
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귀하가 습득할 기술
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
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유동적 마감일
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중급 단계
완료하는 데 약 12시간 필요
권장: 4 weeks of study, 2-4 hours/week
영어
자막: 영어
강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용
완료하는 데 1시간 필요
Introduction
완료하는 데 1시간 필요
3개 동영상 (총 30분), 1 reading, 1 quiz
1개의 읽기 자료
Syllabus10m
1개 연습문제
Theme 1 Quiz16m
완료하는 데 2시간 필요
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
완료하는 데 2시간 필요
7개 동영상 (총 74분)
7개의 동영상
The NIfTI Format9m
Basic Visualization 19m
Basic Visualization 29m
Basic Data Manipulation9m
Transformations and Smoothing14m
Basic MRI Contrasts9m
6개 연습문제
Theme 2 Lecture 1 Quiz10m
Theme 2 Lecture 2 Quiz10m
Theme 2 Lecture 3 Quiz10m
Theme 2 Lecture 4 Quiz10m
Theme 2 Lecture 5 Quiz10m
Theme 2 Lecture 6 Quiz10m
완료하는 데 3시간 필요
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
완료하는 데 3시간 필요
9개 동영상 (총 71분)
9개의 동영상
Registration15m
fslr: System Requirements8m
Bias Field Correction Using fslr3m
Brain Extraction using fslr5m
Image Registration Using fslr5m
Installing ANTsR5m
Basic Data Manipulation with ANTsR4m
Pre-Processing with ANTSR7m
9개 연습문제
Theme 3 Quiz 110m
Theme 3 Quiz 210m
Theme 3 Quiz 312m
Theme 3 Quiz 410m
Theme 3 Quiz 510m
Theme 3 Quiz 610m
Theme 3 Quiz 710m
Theme 3 Quiz 810m
Theme 3 Quiz 910m
완료하는 데 3시간 필요
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
완료하는 데 3시간 필요
11개 동영상 (총 101분), 1 reading, 10 quizzes
11개의 동영상
Co-Registration using fslr9m
Co-Registration using ANTsR9m
Wrapper Functions for Processing Pipelines8m
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6m
Rigid Registration to a Template8m
Affine Registration of T1 to Template4m
Nonlinear Registration of T1 to Template6m
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12m
Tissue-Level Segmentation7m
Papayar: Interactively Viewing Images in R22m
1개의 읽기 자료
Papayar Script10m
10개 연습문제
Theme 4 Quiz 110m
Theme 4 Quiz 210m
Theme 4 Quiz 36m
Theme 4 Quiz 410m
Theme 4 Quiz 510m
Theme 4 Quiz 610m
Theme 4 Quiz 710m
Theme 4 Quiz 810m
Theme 4 Quiz 910m
Theme 4 Quiz 1010m
검토
4.6
INTRODUCTION TO NEUROHACKING IN R의 최상위 리뷰
BR 제공Feb 8, 2017
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
SJ 제공May 7, 2019
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
AN 제공Jul 17, 2017
Perfect! Precise to the subject and provides a lot of hands-on details, which is, unfortunately, something that most other similar courses don't do. Absolutely loved it!
HE 제공Dec 16, 2019
A very useful and informative course. An organized, well prepared, and focused course. Thanks to the fabulous team. I learned a lot of stuff related to neuroimaging.
JS 제공Jan 18, 2017
It would have been better if there were practical exercises, nevertheless it was very comprehensive for basic procedures of fMRI analysis.
SA 제공Aug 19, 2019
it would be great if can create a specialization for this course going in more depth like making your own dti films etc.
MT 제공Apr 4, 2018
Great concise walk-through of neuro-imaging techniques. Low quality audio and a lot of background noise though.
AS 제공Aug 25, 2017
I am really appreciate this course. Its good to have a structured course on these complex topics.
LH 제공Oct 7, 2019
A nice introduction to neurohacking in R. I would recommend this course for beginners.
BB 제공Jan 29, 2020
Thanks for the course. It was a nice course with good explanation. I enjoyed learning.
SS 제공Aug 20, 2017
Perhaps links to some materials regarding explanation of the data could be provided.
SS 제공Sep 3, 2016
An excellent introduction to neuroimaging analysis! Tank you.
CV 제공May 16, 2017
Great course....medical imaging techniques at its best :)
제공자:
존스홉킨스대학교
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
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