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Plant Bioinformatics(으)로 돌아가기

토론토 대학교의 Plant Bioinformatics 학습자 리뷰 및 피드백

4.8
별점
203개의 평가

강좌 소개

The past 15 years have been exciting ones in plant biology. Hundreds of plant genomes have been sequenced, RNA-seq has enabled transcriptome-wide expression profiling, and a proliferation of "-seq"-based methods has permitted protein-protein and protein-DNA interactions to be determined cheaply and in a high-throughput manner. These data sets in turn allow us to generate hypotheses at the click of a mouse. For instance, knowing where and when a gene is expressed can help us narrow down the phenotypic search space when we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. Coexpression analyses and association networks can provide high-quality candidate genes involved in a biological process of interest. Using Gene Ontology enrichment analysis and pathway visualization tools can help us make sense of our own 'omics experiments and answer the question "what processes/pathways are being perturbed in our mutant of interest?" Structure: each of the 6 week hands-on modules consists of a ~2 minute intro, a ~20 minute theory mini-lecture, a 1.5 hour hands-on lab, an optional ~20 minute lab discussion if experiencing difficulties with lab, and a ~2 minute summary. Tools covered [Material updated in June 2022]: Module 1: GENOMIC DBs / PRECOMPUTED GENE TREES / PROTEIN TOOLS. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; SUBA4 and Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser Module 2: EXPRESSION TOOLS. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer for exploring RNA-seq data for many plant species, MPSS database for small RNAs Module 3: COEXPRESSION TOOLS. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2 Module 4: PROMOTER ANALYSIS. Cistome, MEME, ePlant Module 5: GO ENRICHMENT ANALYSIS AND PATHWAY VIZUALIZATION. AgriGO, AmiGO, Classification SuperViewer, TAIR, g:profiler, AraCyc, MapMan (optional: Plant Reactome) Module 6: NETWORK EXPLORATION. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA...

최상위 리뷰

SS

2022년 9월 14일

That was so insightful and learning course about plants bioinformatic out of basic methods.

Also help in working project to give meaningful answers with validation

SK

2020년 5월 5일

In- depth learning of the various tools and softwares available to study plant bioinformatics. Guidance of the author through the labs is insightful and informative.

필터링 기준:

Plant Bioinformatics의 47개 리뷰 중 1~25

교육 기관: Ahmad H K

2020년 7월 5일

교육 기관: QASIM R

2019년 3월 10일

교육 기관: Fabrício d A S

2019년 11월 8일

교육 기관: Rubylyn M I

2020년 12월 9일

교육 기관: Nitisha N G

2021년 4월 16일

교육 기관: Danny W

2019년 1월 30일

교육 기관: Alvaro L

2019년 7월 4일

교육 기관: Glenn N

2020년 2월 25일

교육 기관: DIANEY C C M

2020년 8월 3일

교육 기관: SHARON K

2020년 5월 6일

교육 기관: Sufiyan

2022년 9월 15일

교육 기관: Lerry D P S

2020년 5월 23일

교육 기관: Fer B

2021년 9월 20일

교육 기관: Hewan D

2020년 5월 20일

교육 기관: Lucas A C

2020년 7월 31일

교육 기관: Raghavendra G

2020년 7월 31일

교육 기관: Suhasini M

2021년 11월 2일

교육 기관: Syeda S W

2020년 11월 8일

교육 기관: KAVITHA.A

2020년 11월 3일

교육 기관: Namrah A

2022년 9월 5일

교육 기관: Dr. D D

2020년 9월 27일

교육 기관: sunila h

2020년 7월 13일

교육 기관: Jude C F

2021년 3월 31일

교육 기관: Danilo F S

2021년 2월 17일

교육 기관: Fariha T

2020년 7월 2일