A Geometrical Approach to Genome Analysis: Skew & Z-Curve

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학습자는 이 안내 프로젝트에서 다음을 수행하게 됩니다.

Analyze complete genome using a geometrical method

Plot 2D- and 3D graphs in Python

Calculate, plot, and save complete genome profile

ClockAbout 60 minutes required for the project and 60 for the other materials (reading and assignment).
Cloud다운로드 필요 없음
Video분할 화면 동영상
Comment Dots영어
Laptop데스크톱 전용

In this 1-hour long project-based course, you will learn how to analyze a complete viral genome using geometrical methods (skews and Z-curve), 2D- and 3D-plotting in Python, and how to use some important Python libraries (like Tkinter, Matplotlib, and NumPy) helping you accomplish this. You will also learn about the genomes of some viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Nidovirous, and rubella viruses.

개발할 기술

3DPersonal GenomicsPython Programmingplotting2D

단계별 학습

작업 영역이 있는 분할 화면으로 재생되는 동영상에서 강사는 다음을 단계별로 안내합니다.

  1. Task 1: Getting Started with Geometrical Genome Analysis.

  2. Task 2: Skew and Z-Curve definitions

  3. Task 3: Locate the Data Files

  4. Task 4: Genome cDNA to Orginal Viral RNA

  5. Task 5: Skews and Z-Curve calculations

  6. Task 6: 2D Plotting (Skews part 1 of 2)

  7. Task 7: 2D Plotting (Skews part 2 of 2)

  8. Task 8: Z-Curve 2D and 3D plotting

  9. Task 9: Export results as PDF files.

안내형 프로젝트 진행 방식

작업 영역은 브라우저에 바로 로드되는 클라우드 데스크톱으로, 다운로드할 필요가 없습니다.

분할 화면 동영상에서 강사가 프로젝트를 단계별로 안내해 줍니다.

자주 묻는 질문

자주 묻는 질문

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