Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
이 강좌는 Genomic Data Science 전문 분야의 일부입니다.
Bioconductor for Genomic Data Science
제공자:
강의 계획 - 이 강좌에서 배울 내용
주
1완료하는 데 3시간 필요
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
16 videos (Total 126 min), 3 readings, 1 quiz
16개의 동영상
Installing R on A Mac 2m
Installing R Studio on a Mac 1m
What is Bioconductor7m
Installing Bioconductor3m
The Bioconductor Website9m
Useful Online Resources5m
R Base Types18m
GRanges - Overview4m
IRanges - Basic Usage12m
GenomicRanges - GRanges8m
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8m
GenomicRanges - seqinfo6m
AnnotationHub8m
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112m
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213m
3개의 읽기 자료
Welcome10m
Syllabus10m
Pre Course Survey10m
1개 연습문제
Quiz 120m
주
2완료하는 데 2시간 필요
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
8 videos (Total 81 min), 1 quiz
8개의 동영상
BSgenome6m
Biostrings - Matching6m
BSgenome - Views9m
GenomicRanges - Rle12m
GenomicRanges - Lists6m
GenomicFeatures18m
rtracklayer - Data Import14m
1개 연습문제
Quiz 220m
주
3완료하는 데 2시간 필요
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
9 videos (Total 79 min), 1 quiz
9개의 동영상
Annotation Overview4m
ExpressionSet Overview4m
ExpressionSet9m
SummarizedExperiment7m
GEOquery6m
biomaRt13m
R S4 Classes16m
R S4 Methods10m
1개 연습문제
Quiz 320m
주
4완료하는 데 2시간 필요
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
7 videos (Total 81 min), 1 reading, 1 quiz
7개의 동영상
Short Read4m
Rsamtools12m
oligo14m
limma16m
minfi11m
Count-based RNA-seq analysis15m
1개의 읽기 자료
Post Course Survey10m
1개 연습문제
Quiz 420m
4.0
36개의 리뷰Bioconductor for Genomic Data Science의 최상위 리뷰
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
강사
Kasper Daniel Hansen, PhD
Assistant Professor, Biostatistics and Genetic MedicineBloomberg School of Public Health
존스홉킨스대학교 정보
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Genomic Data Science 전문 분야 정보
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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